Nintendo DS ja 3DS käyttävät eri laitteistoja ja ohjelmistoja, mikä tekee niistä yhteensopimattomia. Et voi aseta DS-pelikasetti 3DS:ään.
Vaikka 3DS on taaksepäin yhteensopiva joidenkin Game Boy Advance -pelien kanssa, se ei tue DS-pelejä.