Game Boy Advancessa on erilainen kasettipaikka ja se käyttää eri prosessoria kuin alkuperäinen Game Boy. Vaikka on olemassa muutamia poikkeuksia (kuten Game Boy Color, joka on yhteensopiva Game Boy Advancen kanssa), Game Boy -pelit eivät ole yhteensopivia Game Boy Advancen kanssa.
Voit kuitenkin pelata Game Boy- ja Game Boy Color -pelejä Game Boy Advance SP:llä Game Boy Playerin avulla lisävaruste Nintendo GameCubelle.